Schwer zu sagen, und schwieriger Fall...immerhin, die jungen Triebe sind grün, daher könnte es Botryosphaeria sein, oder ein ähnlicher Rindenpilz. Wenn das zutrifft, würde ich folgendes versuchen:
(1) Entferne die Fichtenzapfen. Die können pilzversport sein. Deck den Boden um den Baum mit Stoff oder Pappe ab. Mische Kaliumsalz (oder auch Streusalz oder selbst Natrium-Speisesalz) mit Schwefel (etwa Netzschwefel für Frucht- und Zierstrauch) und zwar wesentlich höher dosiert als angegeben. Vorsicht, das kann bei längerem Kontakt die Haut angreifen. Sollte es auch.
Sprüh den Baum im Schatten ein, lass es einen halben Tag wirken. Dann Abdeckung entfernen. Nun sprüh mit klarem Wasser ab. Giess tüchtig um das Zeug aus dem Boden zu bekommen. Abtropfen lassen.
(2) Streue hellen lichtreflektierenden Sand auf den Boden, so ähnlich wie Jörg es mit den Keimlingen gemacht hat, aber ruhig 5mm hoch. Der Sand erhöht die aufgenommene Lichtenergie und schützt die Erde vor Austrockung.
(3) Stell den Topf in die Sonne, am besten Abendsonne, aber beschatte gegen zu starke Mittagssonne (13-17°° oder so). Der Baum braucht Licht um die Kraft zu haben sich zu wehren, da hilft nix. Am besten auch ein eher luftiger Standort, leichte Kühlung verhindert Austrocknung. Richtig windig ist aber genau verkehrt, das trocknet aus. Vielleicht fällt Dir was besseres ein. Worum es geht ist: Kühl trotz intensiver Sonneneinstrahlung.
(4) Gieße nur einmal, nur abends, und nur sehr wenig. Wasseraufgedunsene Zellwände sind dem Pilz keine Barriere mehr.
(5) Wiederhole die Spritzbehandlung nach 3 Tagen.
(6) Wenn der Baum dann noch lebt, lade alle 3 Tage Bilder hoch, es würde mich sehr interessieren ob meine Methode funktioniert
Es kann natürlich auch ganz anders sein. Wenn Dein Baum etwa einen Sonnenbrand hätte, dürfte er natürlich erstmal nicht in die Sonne. Dann würde ich aber erwarten daß die jungen Triebe zuerst braun werden und die älteren zuletzt.
Übrigens, was Mick sagt bitte auch beachten, insbesondere stell den Topf weg von anderen Pflanzen, wenn es geht. Zumindest weg von anderen Nadelgehölzen.